Aunque ya hubo un arreglo bajo la mesa para consolidar el Instituto de Ciencias Forenses de Baja California, organismo descentralizado de la Secretaría General de Gobierno, el Tribunal Superior de Justicia del Estado interpondrá una controversia constitucional para dirimir la distribución de competencias con el Congreso del Estado. Debido a la negativa original de liberar de su facultad al Servicio Médico Forense, la presidenta del Tribunal Superior, licenciada María Esther Rentería, negoció con el Gobierno del Estado, promotor del Instituto de Ciencias Forenses. No se sabe cuál fue la prenda, pero ya es un hecho que cederá lo que se negaba a entregar. El Congreso del Estado aprobó la creación del Instituto para independizar del Ministerio Público y la Procuraduría General de Justicia del Estado de Baja California los servicios periciales, y retirar al Poder Judicial el tratamiento post mortem y consecuente investigación forense. El objetivo del gobierno con esta propuesta avalada por los diputados, es separar las áreas que juntas ofrecen justicia a partir de la investigación científica, para que no haya instancias que sean, al mismo tiempo, juez y parte. 
Mientras en la Procuraduría no hubo objeción para sacar de su fuero los servicios periciales, en el Poder Judicial la magistrada presidenta pegó el grito. No es tanto el recurso que ya no tendrán, como el poder de influencia. El Instituto de Ciencias Forenses de Baja California estará integrado por las 62 personas que laboran en el Servicio Médico Forense y las 245 que trabajan en Servicios Periciales de la Procuraduría de Justicia. Lo mismo se concentrarán las dos presupuestas de tales dependencias: 25 millones de pesos de la primera, y 82 millones de la segunda. Sin embargo, el Tribunal Superior de Justicia seguirá con la controversia constitucional, lo que vulnera la aplicación de la justicia en tanto no se libere de conflictos el tema y se integre, de manera debida, el Instituto de Ciencias Forenses. En su intento por retener lo que ya no le pertenece por una reforma legislativa, la Magistrada Rentería no tuvo el apoyo del total de los magistrados. De hecho la votación para ir o no a una controversia fue un empate que ella, con su voto de calidad, ganó. Los magistrados que votaron contra la controversia fueron Perla Ibarra, Armando Vázquez, Carlos Cataño, Jorge Pérez Castañeda, Marco Antonio Jiménez, Víctor Vázquez, Mireya Beltrán y Salvador Morales. A favor de la controversia votaron la presidenta María Esther Rentería, Raúl González Arias, Olimpia Ángeles Chacón, Félix Herrera Esquivel, Marco Antonio López Magaña, Jesús Espinoza Orozco, Emilio Castellanos Luján, Miriam Niebla Aramburu y José Luis Cebreros Samaniego. Los argumentos a favor de la controversia se centraron en que, con la modificación, se violaba la autonomía del Poder Judicial, además de que éste no había sido tomado en cuenta para el cambio. Quienes votaron contra la controversia lo hicieron bajo el argumento que la decisión estaba dentro de las facultades del Congreso del Estado y de su autonomía, y que en términos reales no había afectación para el Poder Judicial. Uno de los magistrados resumió así el conflicto: “Creo que se juntaron los egos”, en alusión al diputado promotor, Ricardo Magaña Mosqueda, y a la titular del Poder Judicial, María Esther Rentería Ibarra.
La creación del Instituto de Ciencias Forenses se aprobó el 30 de octubre de 2012, fue publicada en el Periódico Oficial hasta el 30 de noviembre y el presupuesto fue votado en el Congreso el lunes 31 de diciembre; y es momento que la consolidación del Instituto no se puede dar. En medio de la controversia quedan los 63 trabajadores y sus familias, todos a la expectativa, pues no saben quién les va a pagar la segunda parte del aguinaldo y la catorcena de enero. “Todo esto pone en evidencia lo desaseado del proceso”, expuso un funcionario del Poder Judicial. La obligada opción tendría que ser crear un transitorio en la Ley para abrir un periodo de gracia para la instauración del nuevo organismo. Aparte del pago, está la situación administrativa y laboral de los trabajadores del Servicio Médico Forense, ya que como parte del Poder Judicial, pertenecen al Sindicato de Burócratas -regidos por la Ley de Servicio Civil-, y con la nueva legislación, pasarían a ser regidos por la Ley Federal del Trabajo. “Es un caos”, sintetizó un funcionario judicial. Un instituto de papel Nadie sabe dónde se encuentra el Instituto de Ciencias Forenses, pues no cuenta con instalaciones propias y no fue incluido en el presupuesto 2013; se les “olvidó” a los diputados proveer de recursos para su operación, dejando a la deriva a decenas de empleados y poniendo en peligro investigaciones ministeriales y judiciales. El nombramiento fast track del licenciado Marco Sotomayor Amezcua -ex director del Centro de Emergencias C4- como director del Instituto, dejó un amargo sabor a los trabajadores del SEMEFO, acusado de desconocer el trabajo. Las repercusiones no solo son laborales, sino que ponen en entredicho la independencia del organismo al recaer el nombramiento en el gobernador, además de que existe un vacío legal en el que se encuentran casi 500 cuerpos, lo que podría entorpecer las investigaciones de la PGJE, pues los trabajares no cuentan con un nombramiento y pudieran incurrir en delitos por usurpación de funciones. Para cerrar el círculo, el martes 15 de enero empleados del SEMEFO dejaron sin servicio y en el abandono casi 180 cuerpos que se encontraban resguardados en las diferentes oficinas del Servicio Médico en el estado, además que por horas se detuvo el ingreso de cadáveres para hacer los trámites correspondientes. Todo esto sucede porque la creación del Instituto de Ciencias Forenses se hizo en el papel, pero no hay infraestructura determinada para albergar a los trabajadores de SEMEFO y de la Unidad de Periciales, dado que estaban en instalaciones del Poder Judicial y de la Procuraduría. Para los peritos que trabajaban en la Procuraduría General de Justicia del Estado, la situación también es confusa, pero menos complicada en términos administrativos. Oficialmente, a partir de la conformación del Instituto de Ciencias Forenses, todo lo que estaba integrado al área de Periciales le fue traspasado; todo el equipo y el personal, a excepción de la directora Guadalupe Licea, quien no fue requerida. No dejaron sus oficinas, siguen operando en las instalaciones de la Procuraduría, y de hecho, continúan laborando de cerca con los fiscales, a quienes proporcionan la información directamente, sin previa autorización del director del Instituto. Se les preguntó si no debía haber un trámite, pero no hubo respuesta al respecto. Desde la fiscalía estatal solo detallaron que ni la antigüedad, ni los sueldos o las formas de pago a los peritos, serían afectados, porque estos funcionarios todo el tiempo han sido empleados del Poder Ejecutivo y siempre les ha pagado la Oficialía Mayor del estado; y como empleados del Instituto de Ciencias Forenses, su empleador será el mismo. Caso contrario a los del Servicio Médico Forense, que pasa del Poder Judicial al Poder Ejecutivo. En cuanto a los señalamientos que indican los peritos quedarán convertidos en juez y parte, fueron rechazados. Aseguraron que nuevas reglas indican que desde el Instituto de Ciencias Forenses, un perito será asignado a la fiscalía y otro a la defensa. Ejecutivo culpa a SEMEFO 
La tarde del domingo 13 de enero, el secretario general de Gobierno, Francisco García Burgos, sorprendió con un boletín en el que acusaba directamente al Poder Judicial de no entregar el Servicio Médico Forense. De igual manera, responsabilizó al doctor Francisco Acuña Campa de no colaborar con el ICF para que se diera la transferencia de los recursos y la operación del propio SEMEFO: “Queremos dejar claro que lo que sucede en este momento, es que el Poder Judicial no ha entregado el Servicio Médico Forense, por lo que la responsabilidad legal de que se deje de prestar el servicio, en el supuesto de que esto suceda, es enteramente del Poder Judicial”, citaba el comunicado. El martes por la mañana, coordinadores de los partidos Acción Nacional y del Revolucionario Institucional, se lavaron las manos respecto al tema, indicando que al establecer la Ley para la creación del ICF terminaba su papel en el asunto. Rubén Alanís Quintero, coordinador de los panistas, dijo que no había vuelta atrás en el tema, y ese mismo día hicieron un exhorto al Poder Judicial. “Ya el Congreso decidió que se desincorpora, se va del Poder Judicial el tema del Servicio Forense, es una instrucción que hay que acatar, entonces aquí precisamente el día de hoy (15 enero) subimos un exhorto al Poder Judicial de que ya suelte el Instituto, que deje que el proceso de desincorporación se haga ya”, dijo Alanís. Por su parte, el coordinador de los priistas en el Congreso, Julio Felipe García Muñoz, se fue en el mismo sentido, aunque minimizó el problema a un asunto administrativo: “La legislación fue muy clara, nosotros aprobamos en tiempo y forma, el Ejecutivo lo sabía con tiempo para que pudiera entrar en operaciones a partir de este año, son cuestiones meramente administrativas, no hay ningún problema legal, lo que sí parece que no se pusieron de acuerdo con los trabajadores”. Aproximadamente a las 12:00 pm del 15 de enero, el ex jefe del SEMEFO, Francisco Acuña Campa, aseguró al salir de una reunión con abogados laboristas que los empleados del extinto Servicio Médico Forense se encontraban en indefensión al no haberles cubierto los sueldos, incluyendo a los médicos, por la primera catorcena de enero y la segunda parte del aguinaldo. De igual manera, aseguró que no habían sido informados que pertenecían al Instituto de Ciencias Forenses, incluso señaló que solo se han tenido dos reuniones donde habían manifestado su desacuerdo debido a que el ICF no tiene recurso económico. “Todos los institutos que hay en el país invariablemente elaboran su estructura, su recurso económico, lo que tiene que ver con tecnología, posteriormente hacen la Ley y luego la aprueba, y (esta ley) de que está mal hecha, está mal hecha”. Acuña Campa acusó un trasfondo político de parte de diputados, además de señalar que estuvo a favor de la creación del ICF donde estuviera el personal de Peritos, no así del personal de SEMEFO. “Es una situación legal, ni el Congreso ni el Ejecutivo solicitaron la autorización para mutilar la vida orgánica del Poder Judicial en el Artículo 208 al Artículo 219, tampoco pidieron autorización para sustraer los bienes materiales inherentes al SEMEFO, ni tampoco pidieron autorización para sustraer al personal”. Asimismo, desestimó las acusaciones de García Burgos en el comunicado de prensa, ya que dijo ser “un empleado nada más”, por lo que no puede exigir al Tribunal Superior de justicia el recurso de los trabajadores. Por su parte, la dirigente de los burócratas en Mexicali, Alicia Martínez, señaló que de manera arbitraria se les dejó sin sueldo a los trabajadores, quienes fueron a cobrar su catorcena y entonces se dieron cuenta que no tenían el recurso. “Hasta el momento nadie se hace cargo, nadie dice ‘yo tengo la culpa’, el dinero de los sueldos desapareció”, acusó. De acuerdo a su versión, los trabajadores sindicalizados no fueron contratados para ser parte del SEMEFO, sino que se encontraban en comisión, por lo que siguen siendo parte del Tribunal Superior de Justicia, y pidió a la titular que rescatara a sus empleados. Diputado amenaza con juicio político a Rentería El que acusó con nombre y apellido fue el diputado Ricardo Magaña Mosqueda, quien culpó directamente a la magistrada María Esther Rentería Ibarra de retener el recurso de los trabajadores, y aseguró que el Poder Judicial debe reintegrar el presupuesto que tenía destinado al SEMEFO y canalizarlo al nuevo Instituto.
“La voy a exhortar públicamente, y si utiliza un centavo del Instituto de Ciencias Forenses que se creó, le voy a plantear un juicio político por desacato y por violación de la Ley, y por utilizar recursos públicos que no le corresponden. Que no se excusen y digan que nunca los llamamos, miente la presidenta, el dinero lo tiene la presidenta del Poder Judicial”, denunció. Sin embargo, el tono de voz le bajó al diputado Magaña cuando se le cuestionó por qué no se le dotó de presupuesto al ICF desde el año pasado, y porque ese mismo dinero se le entregó al Poder Judicial. “Ahí hay que ver con el Poder Judicial también, ¿verdad?, si está todo el presupuesto en el Poder Judicial, hay que retirárselo”.
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